Контакты между атомами белка и ДНК для выборки из 3269 белок-ДНК комплексов, были рассчитаны методом Вороного Делоне раздельно для большой и малой бороздок ДНК. Как площади контактов, так и распределение длин контактов были рассчитаны на уровне остатков и на атомном уровне. Продемонстрирована уникальность бороздок ДНК в аспекте картины контактов, которая оказывается скрытой при рассмотрении суммарной статистики для обеих бороздок. Проведена кластеризация аминокислот (раздельно для обеих бороздок) по сходству в отношении связывания с ДНК и кластеризация нуклеотидов по сходству в аспекте узнавания белка. С помощью специального вычислительного приема выделены важнейшие для белок-нуклеинового узнавания взаимодействия, т.е. специфические взаимодействия были отделены от стохастических. Раздельно рассмотрено узнавание белка нуклеиновой кислотой и нуклеиновой кислоты белком. Найденные общие закономерности взаимодействий белок-ДНК позиционированы относительно бороздок ДНК. Полученные результаты существенны для предсказания вероятности связывания конкретного белка с ДНК и конкретных белок-нуклеиновых интерфейсов, и, в частности, прогноза того, с какой бороздкой будет образован комплекс.