Работа посвящена задаче организационной поддержки принятия управленческих решений в системе экологического мониторинга. На примере мониторинга водных объектов рассматривается вопрос выработки управленческих решений относительно задач контроля и предотвращения кризисных изменений состояния экосистемы водных объектов. Используется методика разработки стратегии принятия решений на основе SWOT-анализа. Трудность работы с информацией экологического характера во многом определяется практикой функционирования самых разных, ведомственно и административно разобщенных, территориально удаленных систем, являющихся носителями и источниками экологической информации. Задача состоит в том, чтобы в отсутствие общих формализованных технологий и автоматизированных инструментальных средств некоторые функции SWOT-анализа решать средствами специализированных информационно-аналитических систем экологического мониторинга (ИСЭМ). В ИПУ РАН разработана модель ИСЭМ водных объектов.