Для проведения комплексной диагностики и мониторинга сложных систем в работе предлагаются две модели: модель распространения внешних воздействий по структуре системы и модель структурного разрушения сложной системы. В построенных моделях структура систем формализована в виде ориентированного функционального графа. Модель распространения внешних воздействий по структуре системы описывает функционирование системы в докритический период, когда структура системы не претерпевает изменений. Модель структурного разрушения сложной системы описывает посткритический период, когда в структуре системы начинаются необратимые изменения.