Предложен модифицированный алгоритм калмановского оценивания модально-физических (МФ) координат деформируемых космических аппаратов (ДКА). При этом не подлежащая наблюдению часть высших мод представляется в виде небелого шума в измерениях. Это позволяет за счет понижения порядка наблюдаемого вектора состояния снизить требования к бортовым вычислителям при сохранении требуемой точности оценивания. Приведены результаты математического моделирования, подтверждающие сходимость, устойчивость и точность синтезированного алгоритма оценивания МФ-координат.