Раскрывается содержание понятия о научной методологии структурной идентификации. Формулируется основная гипотеза исследований по научной методологии. Предлагаются в качестве основы для дальнейшего развития системно-функциональная эталонная модель поведения субъекта структурной идентификации и модель состава системного контекста структурной идентификации. Приводится общее определение структурной идентификации для цели создания САУ с требуемыми свойствами. Формулируются наиболее важные в настоящее время направления исследований по научной методологии структурной идентификации.