Помимо общеизвестных проблем сокращения финансирования исследований и разработок, методологической слабости управления ими на государственном и корпоративном уровнях, существуют и некоторые системные проблемы, которые существенно снижают результативность и эффективность исследований и разработок, проводимых за государственный счет и при государственной поддержке. Причем, нынешние несовершенные механизмы формирования государственных программ в области исследований и разработок – во многом, лишь следствие тех институциональных факторов, которые и порождают указанные механизмы по объективным причинам. Причем, эти институциональные проблемы носят, как будет показано, общий характер, выходящий за рамки конкретных отраслей промышленности и даже сферы исследований и разработок.