Национальная безопасность развивается и функционирует под воздействием определенного набора факторов. Эти факторы по своему проявлению, источнику зарождения и направленности действия на систему могут подразделяться на объективные и субъективные или внешние и внутренние. Существует противоречие в механизме обеспечения экономической безопасности между механизмом обеспечения экономической безопасности региона и механизмом обеспечения национальной экономической безопасности, что, в свою очередь, приводит к рассогласованию интересов государственных и региональных властей, кризисной ситуации в отдельных регионах. Такое противоречие также связано с недоучетом специфики отдельных регионов – политической, социальной, экономической, географической и историко-культурной.