В статье проводится сравнительный анализ методик оценки устойчивости социально-экономических систем регионов Российской Федерации. Рассмотренные методики объединены в четыре группы в соответствии с охватом факторов устойчивости. Автор пришел к выводу, что для комплексной оценки устойчивости региона необходимо закладывать в методику индикаторы по трем факторам устойчивости (социальному, экологическому, экономическому) таким образом, чтобы давать максимальный охват процессов, формирующих фактор и наиболее ярко отражать эффект воздействия на данный фактор. Кроме того при агрегации индикаторов в интегральный индекс устойчивости нужно обеспечивать равноправие факторов, чтобы не допускать смещения внимания в пользу одного из них.