Целью исследования является выделение элементов комплексов белок–ДНК, реализующих ключевые взаимодействия на уровне атомов аминокислотных остатков и нуклеотидов. Проводится кластеризация атомов аминокислотных остатков и атомов ДНК на основе данных о количестве контактов атомов остатков с атомами ДНК раздельно для большой, малой бороздок и сахарофосфатного остова. Контакты между белками и ДНК определены на основе анализа координат атомов пространственной cтpуктуpы комплексов белок–ДНК методом разбиения Вороного–Делоне. Многократно используется многомерная классификация методом k–средних и оптимальная одномерная группировка взаимосвязанных упорядоченных объектов.