Программно-целевое управление (ПЦУ) наиболее полно соответствует тенденциям представления крупномасштабных систем как открытых развивающихся систем с многообразными внутренними связями и связями с внешней средой. Главным компонентом ПЦУ, обеспечивающим динамичность управления, является динамический контроль, реализуемый системами мониторинга и ИАС. В ИПУ РАН разработана ИАС мониторинга финансовых потоков, предназначенная для контроля реализации ФЦП, направленных на достижение определенных запланированных результатов, и для анализа эффективности расходования средств федерального бюджета и др. источников финансирования.