На базе теории управления эволюцией и теории безопасности больших систем, а также теории гуманитарных систем, разработана прикладная теория крупномасштабных (больших) транспортных систем (КТС). На её основе созданы и использованы на практике методология, методы, технологии и процедуры экспертизы и разработки международных, национальных, отраслевых и региональных КТС. Приведены результаты экспертизы и разработки евразийских транспортных политик, реформирования, антимонопольного регулирования и прогнозирования конкуренции в КТС (на примере рынка железнодорожных грузоперевозок), реструктуризации КТС (на примере оптимизации структуры железных дорог), крупномасштабных транспортных проектов реконструкции КТС (на примерах Байкало-Амурской магистрали и транспортной инфраструктуры Чемпионата мира по футболу 2018 г.) и строительства КТС (на примерах высокоскоростной магистрали «Москва — Казань» и транспортно-логистического центра «Белый Раст»), систем безопасности КТС (на примере пожарной безопасности железнодорожного транспорта) и многоканальных систем технологического аудита производственных процессов (на примере железнодорожного транспорта).