Рассмотрены проблемы стимулирования предприятий, работающих в кооперации, к внедрению инновационных технологий или освоению производства инновационных продуктов, которые дополняют друг друга. Предложена теоретико-игровая модель, позволяющая определить условия, при которых предприятия заинтересованы во внедрении таких инноваций. Исследована эффективность механизмов компенсации соответствующих рисков, обоснованы рекомендации по обеспечению внедрения инноваций в сложных производственных системах.