Рассматривается концепция двухуровневой модели неоднородной дискретной управляемой системы и связанные с ней алгоритмы оптимизации управления. Предлагается ее применение для модификации имеющихся готовых программ путем создания над ними верхнего, дискретного, уровня, обеспечивающего заданное целенаправленное функционирование и текущую настройку. Это демонстрируется на примере моделирования инноваций в региональной социо-эколого-экономической модели, когда требуется варьирование параметров модели, изначально принятых постоянными.