18612

Автор(ы): 

Автор(ов): 

5

Параметры публикации

Тип публикации: 

Статья в журнале/сборнике

Название: 

Геометрический анализ ДНК-белковых взаимодействий на основе метода Вороного-Делоне.

ISBN/ISSN: 

ISSN 0006-3029

Наименование источника: 

  • Биофизика

Обозначение и номер тома: 

том.53, №3

Город: 

  • Москва

Издательство: 

  • Наука

Год издания: 

2008

Страницы: 

402-406
Аннотация
Разработан новый метод анализа непосредственных ДНК-белковых контактов па основе разбиения Вороного. На основе изучения 1109 комплексов белок-ДНК из банка пространственных структур PDB выявлены предпочтения для взаимодействий нуклеотидов с боковыми радикалами аминокислотных остатков: для Л - пролин; для Т - гистидин; для G - аспарагиновая кислота; для С - высокое сродство к триптофану, аспарагиновой и глутаминовой кислотам. Таким образом, установлено, что GC-иары предпочтительно взаимодействуют с отрицательно заряженными аминокислотами, аланином и метионином, в то время как АТ-пары - с гисти-дином и с аминокислотами с большими неполярными боковыми радикалами.

Библиографическая ссылка: 

Анашкина А.А., Туманян В.Г., Кузнецов Е.Н., Галкин А.В., Есипова Н.Г. Геометрический анализ ДНК-белковых взаимодействий на основе метода Вороного-Делоне. / Биофизика. М.: Наука, 2008. том.53, №3. С. 402-406.