В настоящей работе проведена классификация внешних социально-экономических эффектов развития альтернативной энергетики по уровням воздействия на экономическую систему. Разработана система индикаторов, позволяющая произвести количественную оценку уровня развития альтернативной энергетики и энергоэффективного машиностроения в определенный момент времени, что позволяет отслеживать эффективность налогового стимулирования данного сектора экономики в динамике. Предложена методика измерения сравнительной эффективности различных мер налогового стимулирования, позволяющая выработать оптимальный в определенных социально-экономических и природно-климатических условиях механизм налогового стимулирования развития альтернативной энергетики и энергоэффективного машиностроения.