14849

Автор(ы): 

Автор(ов): 

3

Параметры публикации

Тип публикации: 

Доклад

Название: 

Классификация на основе сравнительного анализа.

Наименование конференции: 

  • 5-я Международная конференция «Управление развитием крупномасштабных систем» (MLSD-2011, Москва)

Наименование источника: 

  • Труды 5-й Международной конференции «Управление развитием крупномасштабных систем» (MLSD-2011, Москва)

Обозначение и номер тома: 

2

Город: 

  • Москва

Издательство: 

  • ИПУ РАН

Год издания: 

2011

Страницы: 

258-263
Аннотация
Белок-нуклеиновое распознавание представляется весьма сложным процессом, и найти код – соответствие между типами аминокислотных остатков и типами распознаваемых нуклеиновых оснований - было мечтой множества исследователей. Однако спустя годы стало понятно, что простого, однозначного кода белок-нуклеинового распознавания не существует. Существует ли вырожденный код, когда одному типу нуклеотидов соответствует определенная группа аминокислотных остатков? Ответ на этот вопрос даётся в настоящей работе. Для поиска вырожденного кода белок-нуклеинового узнавания, было предложено создать классификацию аминокислот на основе анализа существующих структур белок-ДНК комплексов. Аминокислотные остатки в составе белков, взаимодействующих с ДНК, образуют пространственные контакты с нуклеиновыми основаниями и сахарофосфатным остовом ДНК. Эти контакты отражают некие физические принципы, лежащие в основе белок-нуклеиновых взаимодействий. Можно предположить, что эти контакты отражают физико-химические свойства аминокислотных остатков и нуклеотидов. Таким образом, статистика контактов аминокислот с нуклеотидами может служить основанием для создания независимой классификации аминокислотных остатков, наилучшим образом применимой для создания вырожденного кода белок-ДНК узнавания. Ниже анализ «поведения» аминокислотных остатков по отношению к нуклеотидам ДНК проводится на основе обширной статистики белок-ДНК контактов, полученной с помощью разбиения Вороного-Делоне. Впервые в основу классификации аминокислот положено распределение площади контактов остатков и нуклеотидов в белок–нуклеиновых комплексах.

Библиографическая ссылка: 

Кузнецов Е.Н., Анашкина А.А., Туманян В.Г. Классификация на основе сравнительного анализа. / Труды 5-й Международной конференции «Управление развитием крупномасштабных систем» (MLSD-2011, Москва). М.: ИПУ РАН, 2011. 2. С. 258-263.