Обсуждаются общие характеристики фундаментальной научной дисциплины «Идентификация систем». Предлагается на основе идей и представлений этой дисциплины создать фундаментальный учебный курс «Идентификация систем», учитывающий специфику профессиональной деятельности выпускников МИФИ в атомной отрасли. Указывается, что научное отражение данной специфики в методах идентификации является трудной научной проблемой. Для ее решения необходимы новые фундаментальные и прикладные исследования, позволяющие развить и конкретизировать фундаментальные положения научной дисциплины применительно к реальным условиям идентификации объектов с повышенным риском эксплуатации. Для проведения эффективных научно-исследовательских и проектно-конструкторских работ предлагается осуществить широкую информатизацию процессов идентификации на этапах предпроектных исследований и проектирования автоматических и автоматизированных систем.