В статье рассмотрены вопросы совершенствования нормативно-правовой базы, регламентирующей инновационную деятельность на региональном уровне. Показано, что в регулировании инновационной деятельности региональные власти используют собственные подходы, учитывая все особенности местного законодательства, инвестиционного климата, приоритетов региональной экономической политики. Описан смешанный механизм финансирования регионального конкурса ориентированных фундаментальных исследований, проводимого в течение ряда лет совместно Российским Фондом фундаментальных исследований и Администрацией Краснодарского края. Проанализирован опыт решения проблемы инерционного развития регионов ЮФО программно-целевыми методами. Определены направления совершенстования механизмов разработки и реализации региональных и межрегиональных программ.