Рассмотрены методы сценарного синтеза как составной части формализованной методологии сценарного исследования сложных систем. Предложена стратификация социально-экономической системы в виде типологии прикладных систем. Формализовано понятие сценария и его оптимального синтеза. Представлены результаты расчетов оптимальных сценариев по модели поведения «Знаковые графы» для Амурской области РФ