Рассматриваются модели движения потоков в сложных системах, состоящих из множества частей-агентов, взаимодействующих между собой и с внешней средой. Предложены методы обобщенного и детального моделирования внутренней динамики многоагентных систем. Используется специальный формальный аппарат, основанный на сетях Петри, индикаторных функциях, матричных деревьях и алгебре событий.